GX significa Generation Next (Próxima Geração) e a história dessa nova fase se passa no futuro. Um garoto chamado Yuki Juudairesolve entrar na Academia de Duelistas formada pela Kaiba Corporation.Enquanto está se esforçando para passar nos exames de admissão daacademia, ele encontra o lendário Yugi Mutou, o Reidos Jogos. Juudai mostra a Yugi que é realmente um lutador durante umabatalha. Então, Yugi resolve dar ao garoto a carta Kuriboh Alado,afirmando ser esta uma carta da sorte. Mas Yuuki chega atrasado aoexame e por isso ele só será aceito se duelar com o Dr. Vellian Crowler,líder da Obelisk Blue Dorm. O Dr. Crowler acredita que Juudai podeentrar para a academia. Yuki encara o desafio e vence tornando-semembro da Slifer Red Dorm, grupo dos duelistas não aceitos ou de nívelmais baixo que ficam no dormitório vermelho.
Juudai precisa lidar com os constantes duelos entre rivais fortes como Chazz, o Príncipe da Obelisk Blue (dormitório azul) e Bastion Misawa,da Ra Yellow (dormitório amarelo). Os grupos se dividem em trêsdormitórios na academia: os Obelisk Blue ficam na elite, Ra Yellow noquarto dos que têm potencial e Slifer Red no quarto dos rejeitados. Ogrande objetivo de Yuki é tornar-se o melhor jogador de cartas emostrar para todos na Escola de Duelistas seu potencial como jogador dapróxima geração das cartas de Yu-Gi-Oh.
